いろいろ検索してみると、どうも、phpの問題ではなくて、一緒にアップデートした libxml2 が問題らしい。
とりあえず、fixらしいのが、
http://forums.freebsd.org/archive/index.php/t-8965.html
こちらは、files//patch-configure から
*freebsd*) THREAD_LIBS="";;の行を取り除けとのこと。
phpの設定で、threadを有効にするのが正しい、というのが
http://forum.nginx.org/read.php?23,149976,151169,quote=1
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